A fines del siglo XX la escasez de oficiales mercantes y los pocos oficiales que egresaban, preocupaba a la industria marítima nacional, por lo cual se exploraron diversas soluciones que permitieran subsanar esta dificultad. Esta situación motivó que el 2000 la superioridad de la Armada, con el apoyo de la Asociación Nacional de Armadores, resolviera trasladar la formación de los Oficiales Mercantes desde la Escuela Naval a la Universidad Marítima de Chile, dándose inicio a este proyecto el 2001.

Posteriormente, el 2008 la Universidad Marítima cierra sus programas académicos y los alumnos son traspasados de común acuerdo a la Universidad Andrés Bello. A la fecha, la Universidad Andrés Bello y la Universidad Austral son los principales proveedores de oficiales mercantes para la industria marítima nacional y la oferta de estos profesionales aun no satisface plenamente la demanda nacional e internacional.

Por otro lado, la Fundación "Almirante Carlos Condell", entidad privada y sin fines de lucro, creada en 1984 al amparo de la Armada de Chile, ha participado durante 33 años en la educación escolar y capacitación laboral, contribuyendo al incremento del patrimonio cultural de la nación, particularmente, en todas aquellas materias relacionadas con las actividades marítimas; tarea que ha sido desarrollada con esmero y con el público reconocimiento de aquellos que han conocido su labor. Sin embargo, buscando una opción de continuidad, que permitiera a los mejores alumnos de sus establecimientos aspirar a una educación superior y, por otro lado, recogiendo las inquietudes de la industria naviera nacional respecto a disponer de mayores opciones de formación para cubrir la creciente demanda de oficiales, adquiere el 2015 el Instituto Profesional "Mar Futuro".

En consecuencia y conforme a su compromiso con la educación y mandato fundacional, la Fundación inicia a principios de 2016, las actividades docentes del Instituto Profesional Escuela de Marina Mercante "Piloto Pardo", destinado principalmente a la formación integral de profesionales para la Marina Mercante que puedan desempeñarse en la industria naviera a nivel global.

Del antiguo Instituto se traspasaron solo 6 alumnos, de Segundo Año de Marina Mercante Puente, a los cuales se agregaron 30 alumnos de Primer año provenientes del Liceo Técnico Profesional Instituto del Mar "Capitán Williams", de Chonchi, dependiente de la Fundación; de la Escuela de Tripulantes y Portuaria de Valparaíso (ETRIPORT); más otros postulantes provenientes principalmente de la Región de Valparaíso, dándole forma a una incipiente Escuela de Marina Mercante.

El 26 de mayo de 2017, en una ceremonia presidida por el entonces Comandante en Jefe de la Armada, Almirante Enrique Larrañaga, se inauguró oficialmente el Instituto Profesional, ya más consolidado en lo material y con un equipo directivo, administrativo y docente de experiencia; con 73 Aspirantes en Cursos de Formación Regulares y 59 en Cursos Especiales, incluidos los alumnos de la Sede de Punta Arenas, totalizando 132 estudiantes. En cuanto a la elección del nombre que debería llevar este establecimiento, no se tuvo dudas y, al igual como la Escuela Naval "Arturo Prat", lleva el nombre de tan insigne marino de guerra, se decidió que la Escuela de Marina Mercante llevara el nombre del Piloto Luis Pardo Villalón, gran Marino Mercante, al servicio de la Armada de Chile y artífice del rescate de la expedición antártica de Sir Ernest Shackleton, acaecida en agosto de 1916. Fue así que, coincidente con el centenario de esa gesta y a modo de merecido homenaje a tan noble héroe de la paz, se resolvió denominarla Escuela de Marina Mercante "Piloto Pardo".

En esta tarea, numerosas personas e instituciones han colaborado generosamente en el otorgamiento de becas y donaciones, lo que ha permitido beneficiar alumnos de escasos recursos y obtener un equipamiento tecnológico moderno, que incluye simuladores de última generación.

Este proyecto, sobre el cual la Armada de Chile tiene opinión y mandato a través del Consejo Directivo de la Fundación, pretende reforzar en su formación los valores institucionales de "Honor y Patria, Eficiencia y Disciplina", como asimismo, complementarlos con el ejemplo del Piloto Pardo y Sir Ernest Shackleton, grandes marinos mercantes, cuyos ideales recogen las murallas de la Escuela de Marina Mercante, para motivación e inspiración de sus Aspirantes, bajo el lema de "Optimismo, Paciencia, Resistencia Física, Idealismo y Coraje".